Die Errichtung des FBA zum 1. Oktober 2018 ist Teil einer umfassenden Reform der Bundesfernstraßenverwaltung. Sie wurde am 1. Juni 2017 vom Deutschen Bundestag im Rahmen der Neuordnung der Bund-Länder- Finanzbeziehungen beschlossen. Bundesverkehrsminister Andreas Scheuer bezeichnet die Neuordnung der Bundesfernstraßenverwaltung als "die größte Reform in der Geschichte der Autobahnen".
Die Bundesautobahnen werden ab dem 1. Januar 2021 nicht mehr in Auftragsverwaltung durch die Länder, sondern in Bundesverwaltung geführt. Der Bund wird die alleinige Verantwortung für Planung, Bau, Betrieb, Erhaltung, vermögensmäßige Verwaltung und Finanzierung der Bundesautobahnen übernehmen. Zur Erledigung dieser Aufgaben wird sich der Bund der Autobahn GmbH des Bundes bedienen. Hoheitliche Aufgaben, die weder dem BMVI obliegen, noch der Autobahn GmbH des Bundes durch Beleihung zugewiesen werden, obliegen künftig überwiegend dem FBA.
Für die Bundesstraßen soll es bei der Auftragsverwaltung durch die Länder bleiben. Auf Antrag eines Landes kann aber die Verwaltung der Bundesstraßen in dem jeweiligen Land in Bundesverwaltung übernommen werden.