Seit 2002 ist der Hauptsitz der dena in der Nähe des Oranienburger Tors in Berlin-Mitte. Die dena befindet sich hier im Zentrum der politischen Geschehnisse und in unmittelbarer Nähe zu allen für Energiewende und Klimaschutz wichtigen Akteuren aus Politik und Wirtschaft.
In Halle hat die dena im Laufe des Jahres 2022 den größten projektbezogenen Standort eingerichtet. Für das Kompetenzzentrum Kommunale Wärmewende (KWW) stehen hier 30 Arbeitsplätze zur Verfügung. Das KWW stärkt die Rolle von Kommunen als zentrale Akteure der Wärmewende.